Zona proiectului cuprinde 5 tipuri de habitate de interes comunitar care asigură condiții prielnice unui număr foarte mare de specii faunistice.
6440 – Pajiști aluviale din Cnidion dubii
Este un habitat de pajiști de luncă de la câmpie până în etajul montan inferior, dezvoltate pe soluri ce prezintă un ușor exces de umiditate, unde pot fi găsite atât specii iubitoare de umezeală, cât și specii care preferă un regim echilibrat al umidității solului.
Specia edificatoare, mărarul alb de luncă Cnidium, este foarte rară în România. În România, cele mai reprezentative rămân pajiștile de firuţă de livadă, coada vulpii cu piciorul cocoșului târâtor, bucățel, firuţă silvicolă (în Oltenia), deşampsia înaltă, anghelică de pădure, pălămidă cenușie, răchitan, numeroase specii de rogoz şi pipirig. Acest habitat este deosebit de important pentru multe specii de păsări care găsesc aici hrană și condiții de reproducere, cuibărit și iernat.
91E0* – Păduri aluviale cu Alnus glutinosa şi Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae)
Habitatul include pădurile galerii de luncă din lungul râurilor, de la câmpie până în etajul montan superior. 
Importanța habitatului nu constă în prezența unor specii de plante rare, ci în faptul că acesta constituie o resursă ecologică inestimabilă, asigurând culoare ecologice pentru mamifere mari, adăpost pentru numeroase specii de nevertebrate, și loc de cuibărit și de hrănire pentru un mare număr de specii de păsări. Aceste păduri se dezvoltă pe terenuri plane sau slab înclinate, pe soluri aluviale. Speciile caracteristice, de talie înaltă și cățărătoare, care dau un aspect luxuriant, sunt pălămida galbenă uleioasă, telekia, captalanul, angelica, urzica, vița de vie sălbatică, curpenul și trestioara lânoasă. Date fiind suprafețele mici ocupate, un management inadecvat poate favoriza pătrunderea speciilor din pajiștile învecinate (este cel mai sensibil tip de habitat din acest punct de vedere din România), aceste habitate fiind amenințate și de drenarea terenurilor și folosirea intensivă.
91F0 – Păduri ripariene mixte cu Quercus robur, Ulmus laevis, Fraxinus excelsior sau Fraxinus angustifolia, din lungul marilor râuri (Ulmenion minoris)
Acestea sunt păduri din specii cu lemn de esență tare, situate în albia majoră a râurilor, fiind expuse regulat inundațiilor în perioada creșterii nivelului apei, sau în zone joase, unde sunt expuse inundațiilor provocate de înălțarea apei freatice. Solurile sunt de obicei reprezentate de cernoziomuri și feoziomuri gleizate, argiloase, grele. În Câmpia de Vest și nordul Câmpiei Moldovei apar stejarul (comun), frasinul comun şi cel danubian, iar în Câmpia Română și sudul Câmpiei Moldovei se adaugă frasinul pufos (specie endemică pentru bazinul inferior al Dunării) și stejarul brumăriu. Alături de acești arbori dominanți caracteristici cresc alte specii de luncă: arinul negru, salcia albă, salcia comună, plopul negru, plopul alb, ulmul mic, velnișul, părul pădureț, jugastrul, mălinul și altele, dar și arbuști precum crușinul, vița de vie sălbatică, curpenul, spinul cerbului.
92A0 – Zăvoaie cu Salix alba și Populus alba
Mai ales pentru a se evita confuzia cu habitatul 91E0 care cuprinde toate pădurile galerii de luncă de pe râurile interioare, s-a convenit ca în acest tip de habitat să fie incluse numai pădurile de plop alb și salcie albă de pe solurile aluviale mai evoluate ale râurilor mari, în primul rând lunca Dunării, arealul Balta Ialomiței și Insula Mare și Insula Mică a Brăilei, Delta Dunării. Alături de speciile dominante de arbori apar salcia comună, plopul negru, frasinul danubian, velniș, jugastru. Speciile de plop de talie mare domină de obicei coronamentul prin înălțimea lor. Vegetația ierboasă este reprezentată de specii care preferă solurile cu exces de umiditate, cum ar fi pălămida de apă, trestia, papura cu frunză îngustă și lată, toporașul de apă, gușa curcanului de apă, rogozuri înalte, specii de pipirig etc.
3140 – Ape puternic oligo-mezotrofe cu vegetație bentonică de specii de Chara
Acest habitat acvatic este alcătuit din lacuri și bălți cu apă limpede datorită sărăciei relative în nutrienţi. Fundul apei 
este acoperit de un covor dens de alge verzi și roșii din genurile Chara, Nitella Lychnothamnos, care asigură o bună aprovizionare cu oxigen. La suprafață se dezvoltă covoare de mici plante plutitoare precum lintiţa (mică, trisulcă), salvinia și azolla. În zonele mai puțin adânci apar frecvent pipirigelul de baltă, pipirigul mare (Schoenoplectus sp.), pătlagina bălții, crinul bălții, trestia. Acest habitat este deosebit de important pentru multe specii de pești și amfibieni, dar și pentru numeroase specii de păsări care găsesc în astfel de zone hrană și condiții de reproducere. Din cauza poluării și a eutrofizării, habitatul ocupă suprafețe tot mai mici.